練習問題 : モンテカルロ統計計算
Readme
本ウェブサイトは講談社の書籍「モンテカルロ統計計算」の練習問題の回答ページである.本サイトの作成にはYuhui Xieの素晴らしいR package,bookdownを用いた.
回答の中にRコードも含むため,あらかじめ以下の設定をし,パッケージを読み込むこと.
部分的に当該書籍の内容を参照しているため,Self-contained とはいえないが,多くの部分は当該書籍なしに読むことに問題はないだろう.
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE, cache = TRUE)
library(ggplot2)
library(reshape2)
library(plotly)
library(microbenchmark)
library(latex2exp)
library(rstan)
blue <- "#4271AE"
black <- "#1F3552"
0.1 RStanについて
本ウェブサイトでは,教科書で扱っていない
rstan
パッケージを少し使う.事前に設定が必要なので注意してほしい.インストールに際してはrstanのウェブサイトを確認してほしい.手順としては,
まず最新版のRをインストール - R Projectのウェブサイト
C++を使うため,
C++ Toolchain
をインストール
それぞれのプラットフォームごとに以下のリンクをたどること.
Windows - Configuring C++ Toolchain
Mac - Configuring C++ Toolchain
Linux - Configuring C++ Toolchain
なお,Macについて補足すると,ARM Processor(Apple M1)では,いまのところ The Coatless professorのブログ の通りに gfortranをインストールすればよいが gfortran 10.2 for Big Sur (macOS 11), for Intel processors をインストールすること.Intel Processor用だが,Rosetta 2で,ARM Processorでも動く.RcppArmadillo
のバージョンを古いものにする必要があるかもしれない.
- 念の為すでに
rstan
があればそれと.RData
を削除し,
- また,念の為,リポジトリを指定してインストール
Sys.setenv(DOWNLOAD_STATIC_LIBV8 = 1) # only necessary for Linux without the nodejs library / headers
install.packages("rstan", repos = "https://cloud.r-project.org/", dependencies = TRUE)
インストールが無事にできているか確認のため,
を実行すると良い.Warning
が出ても気にしなくてよいが,Error
が出たらうまく行っていないということだ.