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本ウェブサイトは講談社の書籍「モンテカルロ統計計算」の練習問題の回答ページである.本サイトの作成にはYuhui Xieの素晴らしいR package,bookdownを用いた.

回答の中にRコードも含むため,あらかじめ以下の設定をし,パッケージを読み込むこと.

部分的に当該書籍の内容を参照しているため,Self-contained とはいえないが,多くの部分は当該書籍なしに読むことに問題はないだろう.

knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE, cache = TRUE)
library(ggplot2)
library(reshape2)
library(plotly)
library(microbenchmark)
library(latex2exp)
library(rstan)
blue <- "#4271AE"
black <- "#1F3552"

0.1 RStanについて

本ウェブサイトでは,教科書で扱っていない rstanパッケージを少し使う.事前に設定が必要なので注意してほしい.インストールに際してはrstanのウェブサイトを確認してほしい.手順としては,

それぞれのプラットフォームごとに以下のリンクをたどること.

Windows - Configuring C++ Toolchain

Mac - Configuring C++ Toolchain

Linux - Configuring C++ Toolchain

なお,Macについて補足すると,ARM Processor(Apple M1)では,いまのところ The Coatless professorのブログ の通りに gfortranをインストールすればよいが gfortran 10.2 for Big Sur (macOS 11), for Intel processors をインストールすること.Intel Processor用だが,Rosetta 2で,ARM Processorでも動く.RcppArmadilloのバージョンを古いものにする必要があるかもしれない

  • 念の為すでにrstanがあればそれと.RDataを削除し,
remove.packages("rstan")
if (file.exists(".RData")) file.remove(".RData")
  • また,念の為,リポジトリを指定してインストール
Sys.setenv(DOWNLOAD_STATIC_LIBV8 = 1) # only necessary for Linux without the nodejs library / headers
install.packages("rstan", repos = "https://cloud.r-project.org/", dependencies = TRUE)

インストールが無事にできているか確認のため,

example(stan_model, package = "rstan", run.dontrun = TRUE)

を実行すると良い.Warningが出ても気にしなくてよいが,Errorが出たらうまく行っていないということだ.